Учёные построили аналог живой клетки из транзисторов

Свою систему и детали её работы создатели устройства намерены представить на конференции по биологическим схемам и системам BioCAS 2011, которая откроется в Сан-Диего 10 ноября. А пока новаторы из MIT предлагают полюбоваться на этот коллаж (иллюстрация Christine Daniloff).

Специалисты из Массачусетского технологического института испытали любопытный подход к моделированию биологических систем «в железе». Созданная ими схема с замечательной точностью воспроизвела ряд аспектов работы настоящей клетки.

Наряду с численным моделированием давно известны попытки построения логических микросхем, имитирующих сигналы и обмен веществ в клетках. Но обычно в таких экспериментах используется двоичная логика, а она лишь очень грубо отражает процессы, идущие в клетке.

Действительно, биологи знают, что если в клетке имеется определённое химическое вещество, происходят одни события, если оно отсутствует — другие. «Но сигналы в клетках — не единицы или нули, — говорит ведущий автор новой работы Рахул Сарпешкар (Rahul Sarpeshkar). — Это слишком упрощённая абстракция». Потому исследователи обратились к полузабытой аналоговой электронике. С её помощью экспериментаторы смоделировали два типа взаимодействий между белками и ДНК.

В необычной схеме использовались транзисторы, как и в цифровых системах, но только здесь у транзисторов было не два состояния (канал открыт или закрыт), а множество промежуточных, переходных состояний с проводимостью той или иной степени. Эти состояния можно было уподобить концентрациям веществ.

Чем больше вы хотите воспроизвести реакций, тем больше вам нужно транзисторов. Причём в случае с двоичными схемами это число нарастает лавинообразно. А аналоговые схемы позволяют обойтись очень скромным числом элементов.

Так в нынешнем исследовании учёные воспроизвели эффект постепенного увеличения концентрации двух различных белков внутри клетки. Оба белка заставляли клетку начать производить другие белки. Но действовали эти исходные вещества по-разному. Первое связывалось с ДНК, давая команду на увеличение синтеза, а второе деактивировало ещё один белок, который тормозил синтез. Оба этих процесса удалось воспроизвести в схемах, состоящих всего из восьми транзисторов каждая.

Конечно, в будущих исследованиях речь может пойти о моделировании сотен или даже тысяч реакций, что поможет биологам разобраться в тонкостях перекрёстного влияния множества биохимических сигналов. Сегодняшняя же работа просто показывает возможности аналогового подхода. (Подробности — в пресс-релизе института.)



Учёные оценили птичий опыт в строительстве гнёзд

26 сентября 2011

Биологи восстановили доисторический антибиотик

26 сентября 2011

Вороны показали новое умение — использование зеркала

20 сентября 2011

Нильских крокодилов поделили на два вида

15 сентября 2011

Биологи подсмотрели за бактериальным осаждением урана

6 сентября 2011
  • Евгений Храмцов  3 октября, 21:18
    назад в будущее
    ОтветитьНравится
  • Иван Касьянов  3 октября, 22:32
    неет, скорее вперед в прошлое!
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Григорьев  13 октября, 01:31
    Слишком далеко назад... Про операционные усилители им видимо забыли рассказать.
    ОтветитьНравится
  • Сергей Владимиров  3 октября, 23:05
    А ведь когда-то с аналоговой техники и простейших роботов все и начиналось!
    Это потом перешли на цифру, как дань моде.
    В клетке тоже можно часть сделать цифровой, отвечающей за управление, а часть аналоговой, отвечающей за реакции и процессы...
    ОтветитьНравится
  • Игорь Черток  3 октября, 23:59
    Леонид, извините, но я опять... «Апробировать» означает «официально одобрить»
    ОтветитьНравится
  • Леонид Попов  4 октября, 09:39
    Спасибо, значит я всё время говорил неправильно.
    ОтветитьНравится
  • Аналогом живой клетки они станут тогда, когда освоят митоз :)
    ОтветитьНравится
  • Александр Гадяев  4 октября, 02:57
    Анекдот старый вспомнился:
    Начальник: Надо быстренько сделать человека, что для этого нужно?
    Подчиненный: (бодро) одну женщину и девять месяцев!
    Н: Ну девять месяцев мы Вам дать не можем, даём один. Но зато дадим девять женщин! :-)))
    ОтветитьНравится
  • Сергей Асташкин  4 октября, 07:02
    -- Немного ,скорее очень неверно написано,практически не бывает , чтобы в клетке не было какого-то вещества (пептида,микроРНК и тд.) -из сигнальных или метаболитов-сигналов . Они ВСЕГДА присутствуют, но концентрации , иногда, точнее — число молекул — это и есть порог срабатывания .вплоть да обратного переключения при дальнейшем увеличении активатора ..
    ОтветитьНравится
  • Леонид Попов  4 октября, 09:43
    Верно. Есть/нет — это сознательное упрощение (в кракой новости начать рассуждать о порогах стабатывания....). Но о том и речь, что при моделировании на двоичной логике обычно ситуацию сводят к отсутствию (ниже порога) и присутствию (выше прога). А здесь попытались создать систему со всей гаммой вариантов.
    ОтветитьНравится
  • Сергей Асташкин  6 октября, 14:47
    -- Любая програмка управления тогда может считаться аналогом клетки.. Уверен,это можно сделать на четырёх -пяти транзисторах
    ОтветитьНравится
  • Роман Кириенко  4 октября, 09:00
    Аналог живой клетки — слишком пафосно. Скорее внесли в транзисторную схему алгоритм очень отдалённо схожий с внутриклеточным взаимодей
    ОтветитьНравится
  • Роман Кириенко  4 октября, 09:01
    взаимодействием белков...
    ОтветитьНравится
  • Роман Кириенко  4 октября, 09:01
    В любом случае вся соль статьи в последнем абзаце.
    ОтветитьНравится
  • Григорий Орехов  4 октября, 09:32
    Статья прозвучала так, как будто аналоговую электронику не используют уже десятки и сотни лет. Создалось ощущение что статья из иной реальности.
    ОтветитьНравится
  • Леонид Попов  4 октября, 09:44
    Я не говорил, что не используют. Но не используют с таким размахом, как раньше. И в данном амплуа её применить — это интресная идея была.
    ОтветитьНравится
  • Олег Апарцев  4 октября, 09:43
    Непонятно только одно: мне довелось в эпоху «до настольных компьютеров» заниматься математическим моделированием физических процессов, и уже тогда было понятно, что численные эксперименты на «FORTRAN» проводятся гораздо дешевле, быстрее и эффективнее. Сейчас «8-и транзисторная модель» , доступна для компьютерного моделирования даже школьникам.
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  4 октября, 11:13
    Полный абсурд. Моделировать клетку транзисторами. Для моделирования есть компьютеры на много порядков (!) более эфективные в этом деле. Видимо дилетанты от электроники взялись за непосильную для себя задачу, ну вот и наворотили глупостей. И ведь им опять дадут денег и они опять будут морочить головы людям своими детскими достижениями в этой области.
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  4 октября, 11:46
    Речь не идет о том, что на компьютере этого нельзя смоделировать. Речь идет о том, что для моделирования некоего процесса достаточно всего 8 транзисторов. В современном процессоре около миллиарда транзисторов. Представьте, что вы захотели на основе этой модели создать некое рабочее устройство. Так что эффективнее, 8 или миллиард?
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  4 октября, 12:30
    О каком «рабочем устройстве» Вы говорите? Вы хотите сказать, что кто-то хочет создать аналог живой клетки на транзисторах? Это еще больший абсурд, чем моделировать ту же клетку транзисторами.
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  4 октября, 13:31
    Естественно, абсурд. Как и абсурд — пытаться заменить живую ткань искуственной (долой протезы, импланты, и искуственные органы). Абсурдно пытаться решать человеческие задачи с помощью машин (до свиданья, ЭВМ). И вообще, человек — не птица (прощайте, самолеты).
    Все в этом мире — абсурд.
    ОтветитьНравится
  • Андрей Яковлев  4 октября, 14:34
    вы видимо очень большой спец по компьютерам вообще и по аналоговой электронике в частности, раз делаете такие заявления? )
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  6 октября, 14:15
    Да я специалист именно в этих областях со стажем приблизительно 35 лет. Занимался и моделированием и аналоговыми и цифровыми приборами. Так вот последние лет 20-25 не слышал и не встречал ни одного реального продукта основанного на чисто аналоговой технике. Ну за исключением силовых вещей там цифрой не закроешь проблемы. А уж моделирование процессов с помощью схемотехники так это и вообще мезозой. А здесь пытаются этот мезозой выдать за последний писк прогресса.
    ОтветитьНравится
  • Андрей Яковлев  7 октября, 14:34
    Тогда очень странно от вас такое слышать.. аналоговая электроника вообще то никуда не делась — у нее своя ниша. Некоторые вещи в цифре не то что не воплотишь, просто неэффективно будет. И здесь, как мне кажется, как раз такой случай. Могу привести такой пример: когда я учился, мы решали такую задачку — надо было в специальной математической программе просчитать взаимодействие энергетических уровней в молекуле (какая то органика, сейчас уже не помню подробностей). Так вот, один расчет, в очень упрощенном виде занимал несколько суток. А таких расчетов надо было сделать несколько десятков. И это была еще очень простенькая по структуре молекула. Вот вам и цифра. А в аналоговой схеме и считать ничего не надо — подал напряжение на схему, сразу получил выходной сигнал. Да есть свои недостатки — для каждой модели надо свою схему городить, погрешность опять таки, но все это меркнет на фоне скорости получения результата.
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Григорьев  13 октября, 01:35
    Одна живая клетка ещё эффективнее =) А транзисторы для аналоговых устройств отличаются от цифровых транзисторов по размеру в разы.
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Григорьев  13 октября, 01:39
    А сколько лет назад вы учились? По меркам микроэлектроники даже 10-15 лет — уже мезозой. Я закончил магистратуру в 2006, и уже тогда никакого аналогового моделирования не было.
    ОтветитьНравится
  • Вадим Сущенко  4 октября, 17:10
    Странная статья.
    По сути моделируется система из 8 нелинейных уравнений.
    Зачем заниматся ерундой если с такой фигней справится любой математический пакет.
    Возможно есть теоретический смысл в аналоговом моделировании систем из милиардов уравнений, но опять же сложность реализации в «железе» ставит под вопрос реализуемость такого подхода (аналоговые схемы не так легко маштабируются как цифровые, да и топология соединений, технология транзисторов ит.д. может не позволить все что хочешь смоделировать). Гораздо проще и дешевле использовать какой нибудь мощный вычислительный кластер.
    ОтветитьНравится
  • Андрей Яковлев  7 октября, 14:44
    Ну например ради скорости получения результата — при определенной сложности модели время расчета начнет превышать разумные пределы даже на очень больших вычислительных мощностях. И вы уверены что кластер будет дешевле небольшой схемки на транзисторах?
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Григорьев  13 октября, 01:49
    При «определённой сложности» вычислений время сборки этой схемки будет стремиться к бесконечности, а надёжность её работы — к нулю.
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 09:37
    Какое время сборки? Все делается в одном технологическом цикле.
    Надежность — при определенной архитектуре чипы, которые могли бы быть дефектными для цифрового применения, в аналоге могут спокойно работать (об этом речь уже шла в теме про вероятностный процессор). Это позволяет сделать годный чип таких размеров, которые для цифровой техники неприменимы.
    Посмотрите проект по изучению мозга FACETS (Fast Analog Computing with Emergent Transient States):
    facets.kip.uni-heidelberg.de/index.html
    Там явно не 8 транзисторов.
    ОтветитьНравится
  • Мария Бурундукова  5 октября, 21:56
    Ну-ну, тут же вся соль в аналоговой технике, которая, по-моему, незаслуженно забыта. Моделировать непрерывные, плавно изменяющиеся процессы логичней с помощью аналоговой электроники, а не цифровой. В случае моделирования с помощью «любого математического пакета» основную часть взяла бы на себя программная составляющая, а тут всего-то 8 транзисторов и никакого ПО.
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Степанов  5 октября, 22:34
    полностью согласен. недавно лекцию слушал — те же слова
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  6 октября, 14:34
    А я полностью не согласен. И ктож Вам сказал, что эти 8 транзисторов хоть приблизительно могут моделировать те процессы или процесс, что происходит в клетке? Это Вам теперь КАЖЕТСЯ, что хватит 8 транзисторов и Вы сможете смоделировать что-то. Потом, когда Вы намучаетесь паяя и испытывая Ваш прибор, окажется, что процесс сложнее, чем Вы думали, и надо заложить «хитрую» логику в эту модель. Вы схватите паяльник и припаяете еще 10-20 транзисторов. Потом опять будете мучаться не зная или это модель плохая или это схема не правильно спаяна или схема уже сломалась или моделируемый процесс сложнее. Опять будете паять и паять. А потом окажется, что самая примитивная модель того процесса, что Вы изначально хотели смоделировать 8-ю транзисторами требует 8 тыс транзисторов и еще Бог знает какую логику. Вот после всех этих мучений Вы наконец возьмете компьютер и начнете действительно продуктивно пытаться познать процессы происходящие в клетке. При этом легко создавая и меняя модели процесса. Но это еще Вам предстоит. А на данном этапе Вы дилетант в той области за которую взялись. Уж извините, что есть то есть. Успехов в освоении финансирования.
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Степанов  6 октября, 15:10
    причем тут 8 транзисторов. я имел ввиду что за6ыли аналоговую технику
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  6 октября, 15:42
    Люди еще забыли паравоз, забыли дирижабль, забыли прялку. Так что, теперь для освежения в памяти периодически по суперскоростной магистрали иногда паравоз прокатывать? Смысл? Цель?
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Степанов  6 октября, 17:28
    скажу по секрету: они устарели
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Степанов  6 октября, 17:29
    а аналоговая техника 6ыстра но менее точна. что тут скорее всего и нужно
    ОтветитьНравится
  • Михаил Зиньков  6 октября, 17:46
    Техника-то может и быстра да вот пользоваться ей при моделировании крайне медленно и не удобно. А моделирование оно и предназначено, чтоб быстро получить наглядный результат и изменив модель БЫСТРО увидеть другой результат. А со схемотехникой это сплошная морока. Надо постоянно перепаивать или перепрошивать ПЛИС или вообще создавать новую микросхему каждый новый раз. Аналоговая техника эфективна только в сочетании с цифровой. Аналог считывает входной сигнал АЦП преобразует его в цифру дальше цифровая обработка супербыстрым процессором выдача результирующего сигнала на ЦАП. В процессоре можно быстро переделывать алгоритм обработки не меняя схемотехники никогда. А у Вас что? МЕЗОЗОЙ.
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Степанов  6 октября, 19:43
    ну раз они использовали аналоговую технику. значит так лучше и удо6ней. а вас я плохо понял
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 08:46
    Михаил, ответьте на простой вопрос. Когда вам в схеме надо тупо сложить 2 напряжения, что вы туда поставите: DSP или ОУ?
    ОтветитьНравится
  • Александр Морозов.  13 октября, 09:37
    Конечно нужно ставить ОУ. Но в целом Зиньков прав: Сейчас зачастую проще и дешевле оцифровать аналоговый сигнал и уже работать с цифровой его формой, чем в серии мучаться с повторяемостью параметров аналоговой схемы. Попробуйте на рассыпухе рассчитать усилитель постоянного тока с усилением по напряжению в 10000 раз. Для ОУ это нормально, но на рассыпухе это сделать трудно.
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 09:46
    Да я про рассыпуху не спорю, но мне и не показалось, что речь о ней. Микросхемы отменили уже?
    Процессы в природе аналоговые (в том числе мозг можно рассматривать как аналоговую вычислительную машину). И если некоторая аналоговая схема будет с определенных позиций эффективнее (лучше, удобнее, ярче, веселее, нужное подчеркнуть) моделировать процесс, почему бы не пробовать это использовать?
    ОтветитьНравится
  • Александр Морозов.  13 октября, 10:01
    Дело в том, что это почти пройденный этап эволюции управляющей схемотехники. Причем пройденный не вчера, а лет 20-30 назад. Аналоговая схемотехника намного сложнее в разработке, изготовлении, настройке, модернизации. Намного проще и качественнее загнать алгоритм в цифровом виде в контроллер/DSP и получить нужные сигналы. Чтобы сложить два сигнала в цифровом виде не нужно никаких ОУ (которые, кстати, тоже не дешевы), их можно просто сложить математически.

    Но опять же: нужно отталкиваться от задачи. Если задача тривиальна (сложить или сравнить два сигнала), то возможно эффективнее использовать аналоговую схемотехнику. Никто от нее отказываться не собирается.

    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 10:30
    Цифровая схемотехника проще только в том случае, если кто-то уже создал вам эти самые МК/ДСП. Спроектировать же и изготовить МК как мне кажется, такая же нетривиальная задача, как и спроектировать аналоговый вычислитель. Но тут есть разница. МК/ДСП создан быть универсальным, что хотите на нем, то и делайте. Средства программирования и отладки доступны всем. Аналоговая схема наверное не может быть такой универсальной.
    Так что теоретически, если нужно решить какую-либо сложную задачу, требующую множества строго определенных вычислений, и при этом существует относительно несложная аналоговая схема, которая так же выполняет эти вычисления, то вполне возможен вариант, что у аналогового решения будет приемущества (хотя бы по скорости вычисления). И если эта задача утилитарна, то почему нет?
    ОтветитьНравится
  • Александр Морозов.  13 октября, 10:58
    Павел, я не знаю, чем вы занимаетесь, но для меня таких вопросов не стоит. Я не вижу ни одной утилитарной задачи, которая проще решается аналоговой техникой. Вот пример: давеча с другом решили сделать аппарат конденсаторной сварки, принцип действия — тривиальный. Чтобы ограничивать энергию разряда решили просто ограничить напряжение, до которого батарея кондеров заряжается. Как сделать? с виду простой способ: поставить примитивный компаратор, переменным резистором устанавливать напряжение порога отключения заряда. Думали как это сделать надежно, ибо заряд большой и небезопасно с таким работать. Самое надежное оказалось — взять контроллер, оцифровать напряжение, поставить дисплей для визуального контроля напряжения, уровня заряда. Цена решения в 10 раз дороже компаратора, но по сравнению со стоимостью девайса в целом — менее процента. Но в замен, при серийном производстве — ни какого гемора с калибровкой компаратора, расширение функциональности и т.п.

    сейчас выпускаются тысячи разных контроллеров как универсальных, так и специализированных. Бывает, что дешевле поставить копеечный восьминогий контроллер и на нем реализовать полосовой фильтр, чем городить тоже самое на ОУ, и при этом останется возможность менять на ходу параметры фильтра. В общем мир давно изменился.

    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 11:13
    Я не занимаюсь ничем таким, чтобы мне потребовалось делать сложные аналоговые вычисления. Но это не означает, что они бесполезны.
    Посмотрите, я там выше оставил ссылку на FACETS. Хотя бы такая задача.
    Потом, вот это: www.membrana.ru/particle/3399
    почти из той же оперы.
    ОтветитьНравится
  • Александр Морозов.  13 октября, 11:28
    Павел, я не говорю, что они бесполезны. Нужно исходить из конкретной задачи, но очень часто бывает, что реализовать в цифре аналоговую задачу проще и дешевле. Другой пример: как-то мне понадобились девайсы, подобные этим

    remicon.ru/prod/depend/29/

    я купил, пользовался, все путем. Ради интереса — разобрал посмотрел. Так вот, внутри стоит две микросхемы, одна — ДТМФ декодер, вторая — микроконтроллер. Два кварцевых резонатора, кучка обвязки. Однако если декодер ДТМФ реализовать программно, то себестоимость его снизится в двое! При массовом производстве это ооооочень серьезная цифра.

    когда-то мне читали курс ТАУ, в то время, когда я уже владел несколькими языками программирования, в т.ч. ассемблером для популярного МК, я в упор не понимал, нафига эта теория АНАЛОГОВОГО (а не автоматического ;) управления нужна, когда можно все реализовать программно. Так до сих пор особо и не понял, хотя прошло 15 лет.

    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 12:02
    ТАУ это все таки теория автоматического управления. Я ее уже основательно подзабыл (да и не так уж хорошо знал), но мне кажется, что ей по барабану, как она будет реализововаться, программно или аппаратно: там вся соль в том, чтобы иметь мат. аппарат для расчета структуры схемы управления. То есть, вместо того, чтобы просто линейно сидеть и думать, как нам чем-то там управлять, мы подходим к этому вопросу с формальной точки зрения, составляем схему управления, рассчитываем всякие преобразования Лапласа, передаточные ф-ии, и проч. и получаем математическую реализацию, которая оптимально выполняет наши задачи управления. А уже на основании полученной математики делаем физическую реализацию, и вот тут уже можете делать на чем угодно, хоть на шестернях:)
    ОтветитьНравится
  • Павел Капитанов  13 октября, 12:10
    Ах да по поводу конкретной задачи. Тут прикол в том, что у нас задачи стоят сугубо практические: сделать то-то и то-то. А у ученых, речь о которых в статье, может стоять задача «исследовать возможность и эффективность сделания того-то и того-то». То есть, они в результате исследований могут решить, что да, моделировать таким образом что-либо неэфффективно. А могут найти, что эффективно. Но пока вопрос не будет исследован, сказать определенно нельзя. Заявить о том, что что-либо плохо, можно с легкостью (особенно на мембране), а вот правильно оценить, насколько именно это плохо, и действительно ли это так, гораздо сложнее.
    ОтветитьНравится
  • Александр Морозов.  13 октября, 17:56
    Я говорил касательно спора про цифровую и аналоговую технику, безотносительно к теме статьи.
    ОтветитьНравится
  • Александр Гранин  18 октября, 01:47
    Попробуете на вашем домашнем компьютере промоделировать любую схему, состоящую из 8 реальных транзисторов. Грубо говоря — черный ящик. Даже если вам известно устройство черного ящика (имеется схема) Вы подаете что-то на вход и ожидаете чего-то на выходе. Сколько вам потребуется машинного времени, чтобы получить желаемый результат с приемлемой точностью? И так 10000-100000 раз. Ведь Вы исследуете поведение системы. Дело в том, что для решения такой простенькой задачки потребуется решение системы дифференциальных уравнений и они не линейны. Вам придется играть с частотой, фазой, амплитудой подаваемого сигнала. А как поведет себя система, если Вы замените один из однотипных транзисторов, ведь у них чуть-чуть отличаются характеристики. Я уж не говорю сопротивлениях.
    ОтветитьНравится
  • Владимир Козюра  6 октября, 13:41
    Оппоненты както не хотят понять, что данная работа направлена на моделирование процесса в  «железе». Т.е. моделируется не виртуальный элемент живого организма (мат. модель или программный скрипт), а именно орган. Вспомните еще, что транзисторы ныне это не железная баночка с тремя ножками, а несколько молекул. Так, что данная статья весьма актуальна на пути переселения разума в «вечное» тело :) .
    ОтветитьНравится
  • Александр Вихров  6 октября, 14:22
    Простите, я что-то никак не пойму, как можно моделировать химические реакции в железе. Как ни крути, а в итоге получится автомат. Прежде, чем моделировать, нужно убедиться в адекватности модели.
    ОтветитьНравится
  • Сергей Асташкин  6 октября, 14:48
    -- а зачем им адекватность .. всё равно это не имеет значения..
    ОтветитьНравится
  • Дмитрий Григорьев  13 октября, 01:44
    Несколько молекул? Ну-ну.
    ОтветитьНравится